牛头怪的作乱平定后，Demands of the Qun任务完成。此时，圣殿骑士的首领Meredith和魔法师的首领Orsino之间产生了矛盾，主角需要选择一方来进行任务来对抗另外一方。

选择帮助圣殿骑士的话会获得新的主线系列任务：

  The Last Straw。
 

  新的主线任务出现的同时，支线任务也会更新。在支线任务Justice中需要屠龙，巨龙会每段时间飞到高台上召唤小怪，注意躲避巨龙喷射的火球，同时迅速干掉小怪。完成Justice后，Anders会暂时离队。和他的法师身份有关系。

  On The Loose

  回到家里可以在书桌上获得该主线任务。

  前往在The Gallows的圣殿骑士总部找Meredith了解任务详情。她会交代3个小任务。

  先去Dark Town西北面的Sewer Passage杀掉里面敌人救出被抓的人。

  接着先后去白天和夜晚放入Lowtown找Nyssa，让她带着去找Huon并杀掉他。

  然后去夜晚的Hightown，进入西南面的De Launcet Mansion找Emile。随后去The Hanged Man找Emile De Launcet对话。最后回圣殿骑士城堡找Meredith回复。任务完成。

  Best Served Cold

  完成On The Loose任务后，在家里的书桌上获得该主线任务。去圣殿骑士总部找Meredith了解情况。

  去夜晚的Hightown干掉那里的敌人，记得捡取任务物品。

  然后去夜晚Docks中的Warehouse里面杀光里面的敌人。

  接着去野外地图的The Wounded Coast的南面杀敌并救出Anders。随后去找Meredith回复。任务完成，同时Anders也可以归队了。

  The Last Straw

  在完成上述两个主线任务之后，在家中的书桌上获得The Last Straw任务的更新。

  圣殿骑士和魔法师彻底决裂。准备好足够的药水后去The Gallows见双方的首领，选择一方来进行帮助（必须选择一方）。选择圣殿骑士的话，Anders在暂时离队；而选择魔法师的话，Fenris会暂时离队。

其实两方的首领都已经堕落，最后都要被消灭。

  由于Anders的关系选择帮助魔法师来对抗圣殿骑士。

  消灭地图上的圣殿骑士，向着东面的出口前进。

  进入The Docks后遇到会释放大型怪物，它会在地上放释放范围法术，注意躲开地上的蓝色地区。

  从北面的出口进入Gallows，再次遇见了双方首领。

  接着需要帮助魔法师们抵御圣殿骑士的攻击。

  打退圣殿骑士后，魔法师首领Orsino会现出怪物原型。他有两种形态，一开始是巨大的怪兽。

  干掉第一形态后，Orsino的第二形态是爬虫，没个一段时间会躲起来召唤骷髅。

  第二形态打掉后，他又变回第一形态不断的喷血雾，注意躲避好。这个形态打掉后，就能杀死Orsino了。

  随后出去前往圣殿骑士城堡找Meredith。干掉一路上出现的敌人。

  在圣殿骑士城堡，Meredith魔化，她会自爱原地放旋风斩，此时要把人员都拉开，不要靠近她。

  Meredith在大概2/3血的时候会躲起来，先后召唤两只巨像。干掉它们。

  随后还会不断的召唤小的雕像，还有两只喷火的雕像。同时她也会在场地上进行攻击。

  Meredith还会释放闪电攻击，在她快死的时候会出现两次对话，对话的时候会把众人晕住。

  最后Meredith手中的巨剑碎裂，她也失去力量而化成了石像。

  众人结束了这场战争，在骑士们的注视中离开。任务完成。

  龙腾世纪2的主线流程结束。